《富春山居图》的“子明卷”曾被清乾隆所得,并被认定是“黄公望真迹”,爱不释手。每观赏一次就题诗一首,先后题了48年、50多处,而且仍然意犹示尽,最后在前隔水题有“以后展玩亦不复题识矣”的识款。此“子明卷”现藏台北故宫博物院。
被认为是“真迹”的“无用师卷”,自郑无用道士收藏后,经过一百余年,到了明朝在苏州重现,最初由大画家沈周收藏,大约在成化年间被董其昌在北京购到,并珍藏于书禅堂。董其昌在万历年间将此画卖给了吴正志;吴正志又将此画传给他三子吴洪裕。
吴洪裕是当时著名的文人雅士。他一生到死最喜两件宝,一件是《智永千字文真迹》,另一件则是《富春山居图》,于是,在他临终时,他叮嘱他儿子把这幅画烧了,“炎殉”,使他在九泉之下仍可持有此画。在烧完永智的真迹“千字文”后,他的侄儿吴子文不忍名画被毁,急从火中抢救出来,可惜画的前段已被烧坏数处(卷首部分经过修补后,题为《剩山图》,也保留下来)。
大约在1730年间,画卷的主要部分流落到了中国绘画重要的收藏家安岐手上。他先是收藏了仿本,才又收藏了真品。当时安岐一心想找到《富春山居图》,所以一收到仿本,就马上在空白处品评题字,一共题了55处,整幅画变得面目全非,而真品却由此逃过一劫。从此,这幅长卷分为两段,后段现存台北故宫博物院。前一段在抗日战争时期由现代名画家吴湖帆先生收藏,后由浙江博物馆收购珍藏。